Фамилия Балагина — женская форма фамилии Балагин, которая образована от личного имени или прозвища Балага. Самая убедительная версия связывает его с тюркским словом «балаг» — так называют детёныша буйвола до года. В переносном смысле это слово могло означать «ребёнок», и прозвище Балага могли дать младшему в семье или тому, кто выглядел моложе своих лет. Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза возводит основу к арабскому «балага» — «красноречие». Если следовать этой версии, имя Балага давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос хорошим оратором.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Балагин — это «сын Балаги» или «человек из дома Балаги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых — она редкая, и её носители чаще всего встречаются в центральных и южных регионах России, где исторически был силён контакт с тюркскими народами.

Окончательно определить, какая из версий происхождения верна, можно только в рамках генеалогического исследования конкретной семьи. Без документов — записей в метрических книгах или ревизских сказках — остаётся лишь предполагать, какой смысл вкладывали в имя Балага предки носителей этой фамилии.