Фамилия Баклагина образована от прозвища Баклага. В основе лежит диалектное слово «баклага», у которого было несколько значений. В первую очередь так называли старинный деревянный сосуд с узким горлом и крышкой — походную флягу для воды или вина. В некоторых говорах «баклагой» называли также брюкву.

Скорее всего, прозвище Баклага относилось к «профессиональным» именованиям. Человек мог получить его за то, что делал деревянную посуду на продажу или, напротив, выращивал брюкву. В любом случае прозвище закрепилось за ним как основное, а со временем перешло в фамилию: сына или внука Баклаги стали записывать как Баклагина.

Фамилия встречается в исторических документах. В Книге памяти Новгородской области упомянут Александр Ефимович Баклагин 1907 года рождения — это подтверждает, что фамилия бытовала на северо-западе России. По своей словообразовательной модели фамилия относится к самому распространённому типу русских фамилий на -ин: она образована от прозвища, оканчивающегося на -а, и указывает на принадлежность к роду конкретного человека — «чей?» — «Баклагин», то есть сын или потомок Баклаги.