Фамилия Баклакин — один из тех случаев, когда прозвище предка почти наверняка связано с конкретным предметом быта. Основа здесь — слово «баклак» или «баклага»: так в старину называли небольшой деревянный сосуд с крышкой, плоскую флягу для воды или вина, которую брали с собой в дорогу или на работу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Баклакин — это «сын Баклаки» или «человек из семьи Баклаки».

Прозвище Баклака мог получить человек, чья внешность или фигура напоминали этот округлый, приземистый сосуд, либо тот, кто изготавливал или продавал баклаги — бондарь или коробейник. В южных говорах «баклак» иногда означало и «пустомеля», «болтун» (от «бакланить» — болтать, пустословить), так что не исключён и переносный смысл: прозвище могло закрепиться за говорливым человеком. Однако первая версия — по ремеслу или внешнему сходству — выглядит надёжнее, поскольку прозвища от названий посуды (Ковш, Чарка, Горшок) в русской традиции встречаются часто.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли возникать от мирских имён и названий профессий в разных слоях населения, суффикс -ин чаще закреплялся за прозвищами, оканчивающимися на -а/-я, и был особенно распространён в северных и центральных регионах России. Баклакины, скорее всего, выходцы из крестьянской или ремесленной среды, где прозвище было бытовым и понятным без перевода.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает связь с торговлей или бондарным промыслом — в этих краях баклаги использовали широко, а река Волга была главной транспортной артерией. В некоторых документах XIX века фигурируют Баклакины из крестьян Саратовской и Самарской губерний. Редкий вариант написания с одной «к» (Балакин) может быть результатом упрощения в говорах, но это уже другая фамилия.