Фамилия Бакакин восходит к прозвищу Бакака, которое, скорее всего, связано с тюркским корнем «бак» — «смотрящий». В русской среде так могли назвать человека по профессии: свои смотрящие были в постоялых дворах, больницах и других государственных учреждениях. Возможно, прозвище получил тот, кто вёл наблюдение с вышки или сторожил какой-то объект.

Самая ранняя и документированная ветвь Бакакиных — дворянский род, известный с XVI века. Его основатель, Иван Митрофанович Бакака-Карачаров, служил дворцовым дьяком в 1537–1549 годах. Эта двойная фамилия (Бакака-Карачаров) — редкая деталь, которая указывает на то, что прозвище Бакака могло быть личным именем или вторым родовым прозванием, закрепившимся за потомками. Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на -а, указывая на принадлежность: «чей?» — Бакакин, то есть сын или потомок Бакаки.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, форма на -ин часто встречается именно в древних московских и северорусских родах. Таким образом, носитель фамилии Бакакин с высокой вероятностью имеет предка, который либо нёс службу «смотрящего», либо был прозван за внимательность и зоркость, а в XVI веке его потомок уже входил в состав дворцового аппарата.