Фамилия Бакаевы (встречается также вариант Бакаёвы) неоднородна по происхождению. В ней переплелись как минимум две разные истории: народное прозвище и документально зафиксированный дворянский род с тюркскими корнями.

Начнём с самого распространённого объяснения. В южных русских говорах словом «бакай» называли речной проток, заросший камышом. Человек, поселившийся у такого протока, получал прозвище Бакай. Со временем это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия. Впрочем, в некоторых диалектах «бакаем» могли назвать и молодого парня, ещё не призванного на службу, — это вторая бытовая версия.

Совсем иначе выглядит происхождение фамилии у дворян Бакаевых. Это древний род, внесённый в VI часть родословной книги Ярославской губернии. Родоначальником считается крымский татарин Бакай Тачоепаев, который получил поместья в 1593–1594 годах. Его внуки, сыновья Шемака, приняли крещение. Правнук одного из них, Иван Михайлович Бакаев, дослужился до секунд-майора. Герб этого рода подтверждает восточное происхождение: щит разделён на две части. В верхней, на голубом фоне, между двумя золотыми звёздами изображён золотой полумесяц. В нижней, на золотом фоне, — лук и колчан со стрелами. Щит увенчан дворянским шлемом с короной и тремя страусиными перьями.

Для фамилии Бакаёв (с буквой «ё») есть отдельная тюркская версия. Имя Бакай могло происходить от тюркского слова, означающего «копыто» или «надкопытная часть ноги лошади». Давая такое имя сыну, родители желали, чтобы он вырос хорошим наездником. Это имя фиксируется в документах XVI века: у историка С. Б. Веселовского записан Бакай Игнатьев, крестьянин, 1571 год, Новгород.

Таким образом, носители фамилии Бакаевы могут происходить либо от жителя камышовой протоки, либо от потомка крещёного татарского мурзы, либо от человека с тюркским именем-пожеланием. Точное происхождение конкретной ветви устанавливается только генеалогическим исследованием.