Фамилия Бакаев (встречается также вариант Бакаёв) имеет как минимум два возможных корня. Первый — южнорусское прозвище Бакай, которым называли речной проток в камышах. Такого прозвища удостаивался человек, живший у такого протока. В некоторых говорах Бакаем могли назвать и молодого человека, ещё не призванного на военную службу. Вторая версия ведёт к тюркскому личному имени Бакай, означающему «надкопытная часть у лошади» или просто «копыто». Давая такое имя сыну, родители могли желать ему стать хорошим наездником.

Имя Бакай фиксируется в документах довольно рано. С. Б. Веселовский упоминает крестьянина Бакая Игнатьева, жившего в Новгороде в 1571 году. Однако история фамилии не ограничивается прозвищами: известен древний русский дворянский род Бакаевых. Его основателем стал крымский татарин Бакай Тачоепаев, получивший поместья ещё в 1593–1594 годах. Внуки Бакая, сыновья Шемака, приняли крещение, а правнук одного из них, Иван Михайлович Бакаев, дослужился до чина секунд-майора. Род был записан в VI часть родословной книги Ярославской губернии, что говорит о его столбовом дворянстве.

Герб Бакаевых внесён в V часть Общего гербовника дворянских родов. Он представляет собой щит, разделённый на две части. В верхней, на голубом фоне, между двумя шестиугольными золотыми звёздами изображён золотой полумесяц рогами вправо. В нижней, на золотом фоне, — лук и колчан со стрелами. Щит увенчан дворянским шлемом с короной и тремя страусиными перьями. Символика герба явно отсылает к восточному происхождению рода — полумесяц и оружие напоминают о крымско-татарских корнях.

Таким образом, фамилия Бакаев сложилась по разным моделям: одни её носители получили прозвище по месту жительства у речного протока, другие — от тюркского имени, а дворянская ветвь ведёт начало от реального исторического лица, перешедшего на русскую службу в конце XVI века.