Фамилия Бакаева непроста: у неё как минимум два корня — русский диалектный и тюркский, и оба ведут к прозвищу Бакай. В южных говорах России бакаем называли речной проток, проран в плавнях и камышах. Человек, живший у такого протока, получал прозвище Бакай, а его дети становились Бакаевыми. Впрочем, в тех же говорах слово «бакай» могло означать молодого человека, ещё не призванного на военную службу, — тоже возможный источник прозвища.

Параллельно существует тюркская версия. Личное имя Бакай (встречается в документах с XVI века) переводится как «надкопытная часть у лошади» или «копыто». Скорее всего, такое имя давали с пожеланием, чтобы мальчик вырос хорошим наездником. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упомянут Бакай Игнатьев, крестьянин 1571 года из Новгорода — это одно из ранних свидетельств бытования имени в русской среде.

Особый интерес представляет дворянская ветвь Бакаевых. По родословным преданиям, этот древний род происходит от крымского татарина Бакая Тачоепаева, который получил поместья ещё в 1593–1594 годах. Его внуки, сыновья Шемака, приняли крещение. Правнук одного из них, Иван Михайлович Бакаев, дослужился до секунд-майора. Род записан в VI часть родословной книги Ярославской губернии — это часть «древнего дворянства», что подтверждает его знатное происхождение.

Таким образом, фамилия Бакаева может указывать и на географическое прозвище (житель у протока), и на тюркское личное имя, и на дворянский статус. Окончательно определить, от какой именно линии пошли конкретные Бакаевы, можно только по генеалогическим документам. Но в любом случае фамилия хранит память о южнорусских говорах, степных именах и истории служилых людей XVI–XVIII веков.