Фамилия Баканаев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет тюркские корни и образована от прозвища или имени, которое в свою очередь восходит к слову «бакан». В нескольких тюркских языках (например, в казахском, ногайском, кумыкском) «бакан» означает «столб», «шест», «жердь» или «подпорка». Такое прозвище мог получить либо очень высокий и худой человек (сравнение с жердью), либо тот, кто занимался установкой опор в строительстве или в юрте. Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «бакан» — это название рыбы (например, крупного окуня или судака), тогда прозвище могло относиться к рыболову.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилии: Баканаев буквально означает «сын (или потомок) Баканая». Сама основа «Баканай» — это уже адаптированная форма исходного прозвища или имени, которая могла звучать как «Бакан» с добавлением уменьшительного или принадлежного аффикса «-ай» (типичного для тюркских имён, ср. Каратай, Кунай). То есть Баканай — это «маленький Бакан» или «относящийся к Бакону».

Географически фамилия встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье, особенно среди ногайцев, кумыков и карачаевцев, а также у астраханских татар. Учитывая ареал, предки Баканаевых с высокой вероятностью были не русскими по происхождению — фамилия оформилась в русской среде как патроним, когда местных жителей записывали по отцу или прозвищу с добавлением «-ов» или «-ев». В документах XIX века такие фамилии нередко фиксировали у крестьян-однодворцев или казаков, но точных данных о сословной принадлежности по одной фамилии нет.

Интересно, что фамилия Баканаев не имеет распространённых однокоренных вариантов вроде Баканов (она встречается чаще, но от слова «бакан» в значении «краска» или «сигнальный огонь»), что подчёркивает её региональную и этническую привязку. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, происходил из тюркоязычной среды, а само прозвище было связано либо с внешностью, либо с ремеслом.