Фамилия Бабакин образована от прозвища Бабака, которое восходит к украинскому слову «бабак» — «сурок». Скорее всего, так называли неповоротливого, малоподвижного человека, лентяя и соню. Сурок — зверёк медлительный, много спящий, поэтому прозвище могло закрепиться за человеком с соответствующим характером или привычками. Менее правдоподобная версия считает Бабаку нецерковным именем, но прямых подтверждений этому нет.

Модель образования фамилии простая: к основе Бабак- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бабаки). Такая схема характерна для фамилий, возникших в центральных и северных регионах России, где -ин был так же распространён, как -ов на юге. Интересно, что сама основа «бабак» имеет тюркские корни: в татарском, башкирском и казахском языках «бабак» означает «сурок», что указывает на возможное заимствование слова из степных языков. Это связывает фамилию с южнорусскими и украинскими землями, где сурки были обычными обитателями степей.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Бабакин вряд ли принадлежали к высшим слоям общества. Фамилии на -ин от прозвищ чаще встречались среди крестьян и мещан, а не дворян. В архивных записях фамилия встречается с XVII века, преимущественно в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — как раз в зоне распространения украинского влияния. Сегодня Бабакины расселены по всей России, но наибольшая концентрация сохраняется в Черноземье и на юге страны.