Фамилия Бабакова образована от прозвища Бабак, которое восходит к украинскому слову «бабак» - «сурок». Скорее всего, Бабаком называли неповоротливого, малоподвижного человека, лентяя и соню. Согласно другой, менее правдоподобной версии, Бабак – это нецерковное имя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабак, со временем получил фамилию Бабакова.