Фамилия Бабакаева образована от мужского имени Бабакай, которое распространено у народов, говорящих на тюркских языках. Основа имени — слово «баба»: в древнетюркском оно означало «уважаемый, солидный человек» или «старец с широкой душой», а в персидском — «отец, папа». К основе прибавили уменьшительно-ласкательный суффикс -кай, характерный для татарской и других тюркских антропонимических систем. Таким образом, Бабакай — это почтительное прозвище вроде «почтенный батюшка» или «уважаемый старец», которое давали не по возрасту, а по складу характера или положению в общине.

Фамилию Бабакаева (женский вариант; мужской — Бабакаев) носили потомки человека по имени Бабакай. Судя по модели образования, фамилия сложилась в среде, где фамилии давали по отцу, добавляя к его имени суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Такая модель типична для русских фамилий, но в данном случае она наложилась на тюркское имя — это говорит о длительных контактах и смешении культур, особенно в Поволжье, на Урале, в Крыму и на Кавказе.

Точное место и время возникновения рода Бабакаевых установить без генеалогических изысканий сложно: процесс формирования фамилий у разных народов растянулся на столетия. Однако можно уверенно сказать, что предки носителей фамилии жили в среде, где бытовали тюркские имена и где русская административная традиция фиксировала фамилии по отчеству. Встречаются также варианты написания Бабакаев и Бабакаева — это одна и та же фамилия, различающаяся только окончанием по роду.