Фамилия Бабакаева образована от мусульманского мужского имени Бабакай, которое восходит к тюркской основе «баба». В переводе с древнетюркского слово «баба» означает «уважаемый, солидный человек» или «старец с широкой душой». В персидском языке это слово имеет значение «отец, папа». Компонент -кай представляет собой уменьшительно-ласкательный татарский суффикс, который часто используется в составе имён. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бабакаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.