Фамилия Бабакаев образована от прозвища Бабака, которое восходит к украинскому слову «бабак» - «сурок». Скорее всего, Бабакой называли неповоротливого, малоподвижного человека, лентяя и соню. Согласно другой, менее правдоподобной версии, Бабака – нецерковное имя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабак, со временем получил фамилию Бабакаев.