Фамилия Бабакаев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Бабакаев образована от прозвища Бабака, которое восходит к украинскому слову «бабак» - «сурок». Скорее всего, Бабакой называли неповоротливого, малоподвижного человека, лентяя и соню. Согласно другой, менее правдоподобной версии, Бабака – нецерковное имя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабак, со временем получил фамилию Бабакаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Бабакаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Бабакаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.