Фамилия Бабакины — типичный пример «семейного имени», образованного по модели с суффиксом -ин. Такая модель в русской ономастике означает принадлежность: Бабакин — «чей?» — «сын или потомок Бабаки». В основе лежит личное прозвище Бабака.

Наиболее убедительная версия связывает прозвище Бабака с украинским словом «бабак» — сурок. В народной традиции сурок ассоциировался с малоподвижностью и любовью ко сну: бабак на зиму впадает в глубокую спячку. Поэтому прозвище могли дать неповоротливому, ленивому человеку или тому, кто любил подолгу спать.

Менее вероятно, что Бабака — это нецерковное имя, хотя в дохристианской Руси прозвища от названий животных действительно встречались. Но в случае с Бабакиными исходное слово имеет четкую украинскую огласовку («бабак» вместо общеславянского «сус(т)ръкъ»), что указывает скорее на прозвищное, нежели на именное происхождение.

Фамилия закрепилась там, где активно бытовали украинские говоры — в южнорусских и малороссийских землях. Позже, с перемещением крестьян и казачества, она распространилась шире, но её «южный» след остался заметен.

Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что прозвище оканчивалось на -а. Это характерно для фамилий, возникших на территории, где была распространена акающая или украинская фонетика. В северных и центральных регионах чаще встречалась бы форма Бабаков.

О точной дате появления фамилии говорить не приходится: фамилии у крестьян и мещан фиксировались в документах на протяжении нескольких столетий. Однако сама словообразовательная модель (прозвище + -ин) была одной из самых продуктивных уже в XV–XVI веках.