Фамилия Бабаканов — яркий пример тюркской модели образования русских фамилий. Она происходит от имени Бабакан, которое в свою очередь составное: «баба» (отец, дед, уважаемый старец) и «кан» (кровь, род, а в именах — хан, повелитель). Буквально — «отец-хан» или «предок-владыка». Такие имена давали в тюркской среде с пожеланием, чтобы мальчик стал главой рода, уважаемым человеком. Русский суффикс -ов добавили при оформлении фамилии по стандартной модели «чей?», то есть «сын Бабакана».

Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а, -я, здесь суффикс -ов указывает на основу, оканчивающуюся на согласный (Бабакан). Это типично для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена адаптировались к русской грамматике. Встречаются варианты написания Бабаканов и реже Бабакановъ (до реформы орфографии), но корень везде один.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически был силён тюркский компонент: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области, а также Казахстан и Средняя Азия. Встречается она и у русских, но в основном у потомков татарских или башкирских родов, которые в XIX веке получали фамилии при переписях или после крещения.

Версия о происхождении от прозвища «бабакан» (от тюркского «баба» — старик, и «кан» — род) менее правдоподобна: в тюркских языках такое прозвище означало бы «старейшина рода», а не просто «старый хан», и скорее закрепилось бы как имя, а не бытовое прозвище. Поэтому основная гипотеза — от личного имени-пожелания.

Социально фамилия не указывает на конкретное сословие: её носители могли быть и крестьянами, и торговцами, и служилыми людьми. В дореволюционных записях Бабакановы встречаются среди мещан и купцов в городах Поволжья, что говорит о распространённости фамилии в среде городского тюркского населения.