Фамилия Бакакина — женская форма фамилии Бакакин. Её основа, скорее всего, связана с древнерусским нецерковным именем или прозвищем Бакака. В говорах «бакака» означало «болтун», «пустомеля» или, напротив, «крикун, горлопан» — то есть человека с громким голосом и беспокойным нравом. В некоторых диалектах слово имело и более безобидное значение — «ребёнок, который много лепечет». Таким образом, прозвище мог получить как болтливый взрослый, так и непоседливый малыш.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Бакаки). В отличие от более редкого суффикса -ов, -ин в этой фамилии закономерен, поскольку основа оканчивается на гласный звук.

Фамилия не относится к числу широко распространённых. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, где сохранилось много прозвищных фамилий. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что говорит о её давнем бытовании в среде простого народа, а не дворянства.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Бакак (в переводе — «лягушка» или «смотрящий»). Но для фамилии Бакакина, зафиксированной в русской среде, славянская основа с прозвищным значением выглядит убедительнее.