Фамилия Бакалкина — женская форма фамилии Бакалкин, которая образована от прозвища или мирского имени Бакалка. Происхождение этого имени неоднозначно, и лингвисты предлагают две основные версии, причем обе имеют под собой реальную основу.

Первая версия — географическая. Прозвище Бакалка мог получить выходец из села Бакалки, которое существует в Оренбургской области. В этом случае именование закрепилось за человеком, который переселился оттуда или имел с тем краем прочную связь. Само название села, в свою очередь, может восходить к диалектному слову «бакала». В словаре Владимира Даля «бакала» — это «заязь» (плетень поперек реки, не во всю ширину), который ставят в проточной воде перед плотиной, чтобы защитить её от напора льда. Такая деталь ландшафта вполне могла дать имя поселению, а затем и фамилию его жителям.

Вторая, не менее убедительная версия — профессиональная. Она связывает прозвище Бакалка с арабским словом «баккал», что означает «продавец съестных припасов», «бакалейщик». В русском языке слово «бакалея» закрепилось для обозначения сухих продовольственных товаров: чая, кофе, муки, круп, пряностей. Таким образом, Бакалкой на Руси могли прозвать торговца, лавочника, владельца бакалейной лавки. Эта версия выглядит особенно правдоподобной, потому что фамилии, указывающие на род занятий, — одни из самых распространенных.

Обе гипотезы имеют право на существование. Возможно, в разных ветвях рода фамилия возникла независимо: в одном случае — от названия местности, в другом — от профессии предка. Исторические документы подтверждают, что фамилия Бакалкин бытовала на юго-востоке России. В записях начала XX века встречаются: Бакалкин Василий Александрович (1878 года рождения, Уральск, Западно-Казахстанская область) и Бакалкин Иван Авдеевич (1864 года рождения, село Ново-Александровка Уральской области). Эти данные указывают на регион бытования фамилии — Урал и Приуралье.

Фамилия образована по стандартной русской модели с помощью патронимического суффикса -ин, который присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я. В данном случае от имени Бакалка: Бакалка → сын Бакалкин → потомки Бакалкины.