Фамилия Бакалкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а скорее всего, прозвище, связанное с ёмкостью или мерой. Корень «бакал» в русских говорах имел несколько значений: в одних регионах так называли небольшой сосуд, кувшин или деревянную посуду для питья, в других — меру сыпучих тел. Человек, получивший прозвище Бакал, мог быть либо бондарем, делавшим такую посуду, либо торговцем, отмерявшим товар «бакалами», либо просто обладателем округлой фигуры, напоминавшей кувшин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бакалкин — это «сын Бакалки». Форма Бакалка — уменьшительно-ласкательный вариант от Бакал, что характерно для прозвищ, которые давали не только взрослым, но и детям. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных форм (Бакалов), вариант с -ин типичен для северных и центральных губерний России, где прозвища на -ка были особенно распространены. Встречается и параллельная фамилия Бакалов, но Бакалкин звучит более по-домашнему, как прозвище младшего или подмастерья.

С точки зрения ономастики, фамилия не имеет отношения к тюркскому слову «бакал» (мелочной торговец) — для него характерна форма Бакалеев или Бакальщиков. Русское «бакал» — исконное, диалектное, зафиксированное в словаре Даля. Поэтому версия с ремеслом или прозвищем по внешности остаётся основной.

Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её локальное происхождение. Скорее всего, предки Бакалкиных жили в одной из северных или центральных областей — Архангельской, Вологодской или Костромской губерниях, где слово «бакал» бытовало в речи. Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не упоминается в боярских списках — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового прозвища.