Фамилия Бакаленко — украинская по модели образования, на что указывает суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс традиционно означает «сын» или «потомок», поэтому Бакаленко буквально понималось как «сын Бакала». Вся смысловая нагрузка ложится на основу — прозвище Бакал, а вот его происхождение спорно и допускает сразу несколько версий.

Самая прямая версия отсылает к белорусскому слову «бакала» — «ротозей». Если принять её, то Бакалом в старину называли человека любопытного, зеваку или, наоборот, рассеянного и невнимательного. Прозвище давалось по заметной черте характера.

Другая гипотеза выводит прозвище из профессиональной сферы. Тюркское «бакала» означало бакалейный товар: сухие фрукты, копчёности, пряности. В таком случае Бакал — это торговец, бакалейщик. Фамилия могла закрепиться за человеком, который держал лавку или торговал в разнос.

Третья, менее распространённая версия, связывает основу с киргизским «бакал» — «солома». Тогда прозвище указывало бы на занятие: заготовка соломы или изготовление соломенных шляп и других изделий.

Маловероятно, но не исключено, что в основе лежит не прозвище, а топоним. В Челябинской области есть город Бакал. В этом случае основатель рода Бакаленко мог быть выходцем оттуда. Происхождение названия города тоже неоднозначно: по одной версии, от башкирского «бакал аркассе» — «гряда гор» или «хребет»; по другой — от башкирского же слова, означающего «лягушка». Вторая версия имеет под собой реальную основу: низменная часть Бакала до середины XX века представляла собой непроходимые болота и топи — настоящее «лягушачье место».

Из всех версий наиболее правдоподобной выглядит вторая — профессиональная. Торговля бакалеей была распространённым занятием, и прозвище Бакал легко могло закрепиться за лавочником, а затем перейти в фамилию. Версия с «ротозеем» тоже возможна, но она менее конкретна. Топонимическая гипотеза хоть и интересна, но требует доказательств, что предки носителя фамилии действительно жили именно в том Бакале.