Фамилия Баклаговы образована от личного прозвища Баклаг. В основе лежит диалектное слово «баклага» — так называли старинный деревянный сосуд с узким горлом, крышкой или пробкой. Его брали в дорогу как походную флягу. В некоторых говорах «баклагой» называли ещё и брюкву, что добавляет прозвищу второе возможное значение.

Скорее всего, прозвище относилось к «профессиональным» именованиям. Предок Баклаговых мог заниматься изготовлением деревянной посуды — бондарным или токарным ремеслом. Либо, если исходить из второго значения слова, выращивать брюкву на продажу. Обе версии правдоподобны, но первая — с сосудом — встречается в ономастике чаще, так как прозвища по предметам быта и ремесла типичны для русских фамилий.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Баклаг- добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Баклага). Такая модель в XV–XVII веках стала господствующей на большей части Руси, особенно в центральных и северных землях.

О точном месте и времени возникновения фамилии Баклагов говорить сложно — процесс формирования фамилий шёл долго и неравномерно. Но по типу окончания и способу образования можно предположить, что фамилия оформилась не раньше середины XVI века и не позднее XVIII века, когда патронимические фамилии на -ов уже закрепились у всех сословий, кроме крестьянства. Последние массово получили фамилии только после отмены крепостного права в 1861 году, так что Баклаговы могли быть как служилыми людьми, так и крестьянами.

Фамилия редкая. Её однокоренные «собратья» — Бакланов, Баклашкин, Баклушин — встречаются чаще, но все они восходят к разным значениям слова «баклага» и его производных. Это делает фамилию Баклагов отдельным и самостоятельным памятником русской диалектной лексики и бытовой культуры.