Фамилия Бонаква — редкий гость в русском ономастиконе, и её происхождение уводит не в крестьянскую избу, а скорее в итальянский средневековый город. Основа фамилии прозрачна для итальяниста: «buona» — добрая, хорошая, и «acqua» — вода. Вместе это «добрая вода», что могло быть прозвищем человека, жившего у чистого источника, или владельца постоялого двора с хорошей питьевой водой. В Италии фамилия Bonacqua известна с XIV века, особенно в Тоскане и Венето, где её носили, например, купцы и менялы.

В России фамилия Бонаква почти наверняка не исконная. Она могла появиться несколькими путями. Самый вероятный — через потомков итальянских архитекторов, инженеров или художников, которых приглашали в Россию в XVIII–XIX веках строить дворцы и мосты. Другой вариант — обрусевшие итальянские купцы, осевшие в Одессе или Петербурге. Третий, более экзотический, — потомки пленных солдат армии Наполеона, оставшихся в России после 1812 года (среди них было немало итальянцев).

Словообразовательная модель фамилии — чистая основа без русских суффиксов (-ов, -ин). Это верный признак иноязычного заимствования, не адаптированного через отчество. В русском языке фамилия осталась без изменений, как её записали в метрику: Бонаква. Ударение, скорее всего, на последний слог — Бонаква́, как в итальянском, хотя в быту могли ставить и на второй.

Географически фамилия в России редчайшая. Встречается единичными случаями в Москве и Санкт-Петербурге, редко — на юге, в Краснодарском крае, где исторически была заметная итальянская диаспора. Сословно носители фамилии в XIX веке, судя по отрывочным данным, относились к мещанству или купечеству, реже — к дворянству (если речь о потомках натурализованных специалистов).

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Бонапарт (buona parte — «хорошая часть») или Бонавентура (buona ventura — «удача») показывает, что Бонаква стоит в ряду итальянских «говорящих» фамилий-пожеланий, образованных от бытовых реалий. Никакой мистики или тайного смысла — просто человек, ассоциировавшийся с чистой водой.