Фамилия Бонилья звучит для русского уха необычно, но её происхождение прозрачно для романских языков. Это классический пример испанской топонимической фамилии, образованной от названия места. В основе лежит испанское слово bonilla — уменьшительная форма от buena («хорошая») или, что вероятнее, от латинского bonus («добрый, хороший»). В Испании существует несколько небольших населённых пунктов с названием Бонилья (Bonilla), например, в провинциях Куэнка и Вальядолид. Житель такого селения или выходец оттуда получал прозвище «Бонилья», которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс -illa в испанском языке — типичный уменьшительно-ласкательный, примерно как русские -ушк- или -ик. Поэтому Бонилья дословно можно перевести как «хорошенькая», «маленькая хорошая» (имеется в виду деревня или земля). В этом смысле фамилия не несёт указания на профессию или личную черту предка, а лишь привязывает его к конкретной географической точке. С точки зрения модели образования, это прямой аналог русских фамилий вроде Горский, Озеров или Поляков, но с испанским колоритом.

В России фамилия Бонилья встречается редко и почти всегда — у потомков испанских иммигрантов, либо у людей, чьи предки были связаны с испаноязычными странами. В самой Испании она распространена, но не входит в число самых частых. Интересная деталь: в русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать на слух как «Бонилья» или «Бониля», что иногда приводило к искажениям. Обычно такие фамилии не склоняются по правилам русского языка: «я встретил Бонилью», «книга Бонильи» — склонение есть, но по мужскому роду оно факультативно, а женский вариант фамилии вообще не изменяется.

Если искать параллели в русской ономастике, то Бонилья стоит в одном ряду с фамилиями, образованными от названий малых хуторов или урочищ: Дубровка, Липки, Горка. Только вместо славянского корня — латинский, а вместо суффикса -к- — испанский -ill-. Фамилия не имеет отношения к знатным родам или древним профессиям — она из разряда «географических меток», которые давали человеку, чтобы отличить его от соседа, жившего в другом месте.