Фамилия Боннэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с еврейской традицией образования фамилий-аббревиатур. В отличие от таких распространённых сокращений, как Кац («коhэн цэдэк» — праведный коэн), Боннэ расшифровывается как аббревиатура словосочетания «бааль нэс» (с иврита — «владыка чуда» или «хозяин чуда»). Так могли прозвать человека, за которым закрепилась репутация удачливого или того, с кем связывали необычное, чудесное событие.

В слове Боннэ нестандартное написание: двойное «н» и «э» на конце. В ашкеназском произношении аббревиатура «бааль нэс» звучала слитно, а при записи кириллицей для точной передачи звучания использовали букву «э» и сдвоенную «н». Это отличает фамилию от более привычных фамилий с формантами -сон/-зон («сын»), -ман («человек») или -штам («ствол»), которые встречаются у ашкеназских евреев. Боннэ стоит в ряду таких же аббревиатурных фамилий, как Рошаль (раввин Шломо Лурья) или Маген (сокращение от «маген га-коэн» — щит коэна).

Географически фамилия Боннэ могла закрепиться в черте оседлости Российской империи, где еврейские фамилии-аббревиатуры активно фиксировались в метрических книгах в XIX веке. При этом ни суффикс -швили (как у горских евреев), ни приставка бен- или артикль га- здесь не использовались — это чистая аббревиатура, записанная как есть. Встречаются варианты написания: Бонэ, Боне, но двойное «н» и «э» на конце — наиболее точная передача исходного звучания.