Фамилия Бонтей — редкий случай, когда географический и языковой след ведет не вглубь славянских земель, а к румынскому влиянию. В её основе лежит прозвище Бонтя, а само прозвище образовано от румынского слова bont — «обрезанный, обрубленный, коротконогий». Такое прозвище вряд ли было комплиментом: скорее всего, его давали человеку невысокого роста или тому, у кого на теле были заметные шрамы, следы от ран. В старину внешние недостатки часто становились основой для уличных прозвищ, которые затем закреплялись за родом.

Фамилия образована по восточнославянской модели с суффиксом -ей, который встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс нередко указывает на западнорусское или украинское происхождение, но в паре с румынским корнем даёт смешанный, пограничный тип фамилии. Носители фамилии Бонтей, вероятно, жили в зоне контакта славянских и романских языков — на территории современной Молдовы, Буковины, Одесской или Черновицкой областей. Там румынские прозвища легко переходили в русские и украинские фамилии, меняя лишь окончание.

Позже прозвище Бонтя, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его — как в повседневной речи, так и в официальных документах. Судя по словообразованию, фамилия Бонтей не принадлежала к дворянским или духовным: скорее всего, её носили крестьяне или мещане, чьи предки получили прозвище по внешности или физическому недостатку. Других версий происхождения этой фамилии в доступных ономастических источниках нет, и румынский корень остаётся единственным надёжным объяснением.