Фамилия Бонышев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа Боныш- требует разбора, и здесь есть как минимум две версии, одна из которых значительно правдоподобнее другой.

Самый вероятный путь — от прозвища или имени Боныш. В русских говорах слово «боня» или «бонька» означало ласковое обращение к ребёнку, что-то вроде «малыш», «кроха», «лапушка». Суффикс -ыш- как раз образует названия маленьких существ или детёнышей (голыш, крепыш, малыш). Таким образом, Боныш — это «маленький Боня», а фамилия Бонышев — «сын Боныша». Такая модель характерна для нецерковных имён-прозвищ, которые давали в семье по внешности или поведению.

Существует и более экзотическая версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «бон» (плохой, дурной) или калмыцким «бөө» (шаман, колдун). Однако она слабая: во-первых, фамилия редка и не имеет массового бытования в тюркоязычных регионах, во-вторых, для прозвища «плохой» в русской среде скорее взяли бы прямое слово (Худой, Плохов), а не заимствование. Поэтому версия с уменьшительно-ласкательным прозвищем внутри семьи выглядит логичнее.

Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда» в одном уезде. Это говорит о том, что она не относится к массовым крестьянским фамилиям, а возникла в разных местах независимо. Носители могли быть как крестьянами, так и мещанами или служилыми людьми — фамилии на -ыш- не привязаны к сословию.

Особенность фамилии — её «детский» оттенок. Если предки получили прозвище Боныш, то, скорее всего, оно закрепилось за младшим сыном или за человеком, которого в семье долго называли ласковым словом. Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась.