Фамилия Бородавченко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, что означает «сын» или «потомок» (Бородавченко = «сын Бородавки»). Основа фамилии — прозвище Бородавка. В быту так могли назвать человека, на теле которого часто появлялись бородавки. Однако куда вероятнее, что это прозвище играло роль оберега.

У славян существовал обычай давать детям «плохие» имена, чтобы отвести зло. Считалось: назовёшь ребёнка Бородавкой — злые души не позарятся на него, и он вырастет здоровым и красивым. Таким образом, прозвище Бородавка служило внутрисемейным оберегом, а не описанием внешности.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксированы исторические носители этого прозвища: князь Федор Федорович Бородавка Мещерский (1550 год), а также Василий и Дементий Бородавкины (конец XV века, Новгород). Эти записи подтверждают, что прозвище было распространено в старину и не считалось обидным.

Украинский суффикс -енко в фамилии Бородавченко указывает на происхождение из восточнославянских земель, где такие фамилии массово формировались в XVI–XVII веках. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -енко передавали принадлежность к роду, а не владение чем-либо. Поэтому Бородавченко буквально понималось как «сын Бородавки» — отсылка к прозвищу отца, которое, скорее всего, было охранительным.