Фамилия Ботабаева ведет свое начало от мусульманского мужского имени Ботабай. Первая его часть происходит от казахского «бота» - «дитя», а вторая – от тюркского «бай» - «хозяин; состоятельный, влиятельный человек, господин». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ботабаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.