Фамилия Ботавский — редкий пример, где суффикс -ск- указывает на географическое происхождение, а корень вызывает споры. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ин, образованных от крестильных имён, Ботавский почти наверняка связан с названием места: села, деревни или урочища. Такие фамилии обычно получали дворяне по своим поместьям, но в XIX веке их нередко давали и выходцам из духовенства, менявшим семинарские фамилии на более «благозвучные» по месту рождения.

Корень «Ботав-» неочевиден. Самая прямая версия — топоним Ботава или Ботавка. Такое название могло произойти от диалектного слова «ботать» — бить, стучать, или от «ботало» (колокольчик на шее коровы). В рязанских и тамбовских говорах «ботать» означало также «качать воду», «мутить». Если селение стояло на реке с тихим течением или болотистыми берегами, где воду «ботали» шестами, название приживалось. Менее вероятна, но возможна связь с украинским или белорусским «ботавий» — ботвинья (холодный суп из свекольной ботвы). В этом случае прозвище Ботава мог получить огородник или любитель этого блюда, а фамилия по нему — уже вторична.

Фамилия Ботавский не фиксируется в массовых списках русского дворянства, что указывает на более позднее происхождение, скорее всего, из мещанской или духовной среды. Встречается она крайне редко, преимущественно в центральных областях России и на юге Украины. Ономастический словарь Б. Унбегауна не включает эту фамилию, что подтверждает её локальный характер.

Таким образом, основная версия — фамилия, образованная от названия небольшого поселения Ботава (Ботавка), житель которого стал Ботавским. Корень связан с хозяйственной деятельностью или особенностью ландшафта, а не с личным именем.