Фамилия Ботоговская — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-. Такая модель была особенно распространена среди польской шляхты и русских дворянских родов, а также в среде духовенства. Основа здесь — топоним Ботогово или Ботогова. Скорее всего, это название деревни или села, которое могло находиться на территории современной России, Беларуси или Украины. В пользу этого говорит и характерный для западнорусских земель суффикс -ов-/-ев- в основе.

Корень «ботог» — старорусское слово, означающее палку, посох, батог. В переносном смысле «ботогом» называли не только орудие для наказания, но и длинный прут, которым погоняли скот. Таким образом, название поселения Ботогово могло произойти от прозвища первопоселенца или владельца — Ботог (человек с палкой, пастух, либо же тот, кто «ходил под батогами», то есть был наказан). Однако не исключено, что топоним связан с рельефом: «ботогом» в говорах называли прямую, ровную дорогу или просеку.

С точки зрения словообразования фамилия Ботоговская — женская форма. Мужской вариант — Ботоговский. В дореволюционной России такие фамилии часто закреплялись за семьями священников (семинарские фамилии) или за обедневшими дворянами, владевшими одноименной деревней. Если предки носили эту фамилию, они могли быть выходцами из духовного сословия или мелкими помещиками, чья родовая усадьба называлась Ботогово.

География фамилии сегодня довольно размыта, но чаще всего Ботоговские встречаются в западных областях России и в Беларуси. Встречаются и единичные случаи написания через «а» — Батаговская, что может указывать на акающее произношение в регионе бытования. Однокоренных фамилий немного: Ботогов, Ботоговцев, а также редкая Ботогин — все они восходят к тому же прозвищу или топониму.