Фамилия Бовтута — украинского происхождения, и её разбор стоит начать с глагола «бовтати». В украинском языке у этого слова два основных значения, и каждое могло породить прозвище, ставшее основой фамилии.

Первое значение — «говорить, болтать». Прозвище Бовтута в этом случае носило иронический оттенок: так могли назвать не в меру разговорчивого человека, пустослова. Такие прозвища по речевым особенностям — распространённое явление в народной антропонимии, они метко и не всегда лестно характеризовали человека.

Второе значение глагола «бовтати» — «взбалтывать, мутить жидкость, сбивать масло». Если прозвище образовалось от этого корня, оно указывало на род занятий. Основатель рода Бовтуты мог заниматься изготовлением масла — пахтать, сбивать, «бовтати» его. То есть фамилия могла быть профессиональной, а не только характеризующей.

Сама модель фамилии — на -а — типична для украинских прозвищных фамилий. Окончание -а не указывает на женский род, а является грамматическим показателем прозвища или имени (сравните: Голота, Микита, Сковорода). Такая форма часто закреплялась за прозвищем в именительном падеже, без дополнительных суффиксов.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но профессиональная версия (изготовление масла) встречается в украинских фамилиях реже и потому может быть более интересной с точки зрения истории быта. Однако проверить, какое именно значение имел в виду первый носитель прозвища, уже невозможно.

Фамилия Бовтута — редкая. Она не встречается в массовых списках распространённых украинских фамилий, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной из западных или центральных областей Украины. В русском языке фамилия не склоняется по падежам, сохраняя исходную форму.