Фамилия Бойтунов образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Бойтуна. Значит, в основе лежит прозвище или некалендарное имя Бойтун. Что оно могло означать? Тут есть два варианта, и оба рабочие.

Первый и самый прямой: от глагола «бойтать» или «байтать» — в северных и сибирских говорах это значит «болтать», «качать», «трясти» или «колыхаться». Человека могли прозвать Бойтуном за манеру ходить вразвалку, постоянно покачиваться, или же за болтливый, неуёмный характер. Второй вариант — от тюркского корня «бой» (богатый, знатный) с добавлением суффикса -тун, что встречается в татарских и башкирских фамилиях. В таком случае Бойтун — это прозвище зажиточного, уважаемого человека, а фамилия указывает на тюркские корни предка.

География фамилии подсказывает, что второй вариант вероятнее. Бойтуновы — фамилия не частая, но заметная в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. В этих краях в XVI–XVII веках активно селились служилые татары и башкиры, которые получали русские фамилии по отцу с суффиксом -ов. Если предок был Бойтуном, то есть «богачом» или «знатным человеком», фамилия могла закрепиться за его потомками, даже когда прозвище утратило прямой смысл.

Встречается и редкий вариант написания — Байтунов, с буквой «а» в корне. Это дополнительный аргумент в пользу тюркской версии: в татарском языке «бай» (богач) — основа множества имён и фамилий (Баймуратов, Байбулатов). Бойтун могло возникнуть как диалектное произношение или простое искажение при записи в русских документах.

Словообразовательная модель здесь простая, но основа редкая. Фамилия не попала в списки дворянских родов — скорее всего, предки Бойтуновых были крестьянами или казаками. В Оренбургском казачьем войске, где смешались русские, татары и башкиры, такие фамилии — обычное дело.