Фамилия Боюкян — характерный пример армянской фамилии, образованной по самой распространённой модели с суффиксом -ян (вариант -янц). Этот суффикс, восходящий к древнему показателю родительного падежа, в армянской ономастике означает «из рода такого-то» или «принадлежащий». Боюкян, таким образом, означает «из рода Боюка» или «потомок Боюка».

Основа фамилии — личное прозвище или имя Боюк. В турецком и крымскотатарском языках слово «бююк» (büyük) означает «большой», «великий», «старший». Учитывая многовековое соседство армянского и тюркского миров, заимствование этого слова в качестве прозвища — вещь обычная. Боюком могли назвать либо физически крупного человека, либо старшего в роду, либо того, кто занимал важное положение. Встречается и версия, что Боюк — это вариант армянского имени, но тюркское происхождение основы выглядит убедительнее, поскольку слово зафиксировано в диалектах западных армян.

Географически фамилия Боюкян чаще всего встречается среди армян, чьи предки жили в Западной Армении (территория современной восточной Турции) или в Крыму. После геноцида 1915 года носители фамилии рассеялись по диаспоре — от Ливана и Сирии до Франции и США. В России и странах бывшего СССР фамилия тоже встречается, но реже, чем, скажем, классические фамилии на -ов.

Отличительная деталь: в отличие от многих армянских фамилий, которые образованы от христианских имён (Григорян, Ованесян) или названий ремёсел (Вардапетян — «священник»), Боюкян стоит в ряду «светских» прозвищ, описывающих внешность или статус человека. Это делает её более «прозрачной» для этимологии, но не менее древней. По сословному составу предки Боюкян могли быть и крестьянами, и горожанами — прозвище «большой» не привязано к какому-то одному социальному слою.