Фамилия Брокгаузен — одна из тех, что выдают немецкое происхождение своего носителя почти безошибочно. Она относится к типичным немецким фамилиям, образованным по модели «прозвище + суффикс принадлежности -en», где окончание -en указывает на «принадлежащий к» или «родом из». В русском языке она закрепилась в мужском роде с нулевым окончанием, как и многие другие немецкие фамилии (например, Шиллер, Гёте, но с сохранением основы).

Корень фамилии — Brockhaus — составной. Первая часть, Brock, восходит к средневерхненемецкому слову broc, что означает «болото», «топь» или «сырая низина». Вторая часть, Haus, переводится как «дом». Таким образом, Брокгаузен в исходном значении — это «дом у болота» или «дом на сырой земле». Такие топонимические прозвища давали человеку, который жил в характерном месте: у болотистой низины, на влажном участке. Фамилия указывает не на профессию, а на географию проживания предка.

Наиболее вероятно, что фамилия возникла в северных или центральных землях Германии, где много болотистых ландшафтов (например, в Нижней Саксонии или Вестфалии). В письменных источниках фамилия Брокгаузен известна с XVI века. Самая знаменитая ветвь рода — издательская династия Брокгауз, основавшая знаменитый энциклопедический словарь. Однако стоит различать: основатель издательства Фридрих Арнольд Брокгауз носил фамилию именно в форме Brockhaus, без суффикса -en, что характерно для варианта фамилии, закрепившегося в качестве торговой марки. Форма Брокгаузен (с окончанием -en) встречается реже и может указывать на более локальную ветвь рода или на вариант, возникший в результате адаптации при переселении в Российскую империю.

В России фамилия Брокгаузен встречается в основном среди потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II. Они селились в Поволжье, Причерноморье и на юге Украины. В русском языке фамилия не склонялась по падежам в женском роде (Мария Брокгаузен) и склонялась в мужском (Ивана Брокгаузена). В советское время многие носители русифицировали фамилию, меняя окончание на -ов или -ин, но исходная форма сохранилась у части семей. Сегодня фамилия Брокгаузен — редкая, но не исчезнувшая, и её носители могут с уверенностью проследить свои корни до немецких земель с влажным климатом и болотистыми низинами.