Фамилия Брудерер — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её происхождение — немецкое или австрийское, и на русской почве она сохранила свою исходную форму, не обрусев до неузнаваемости.

Основа фамилии — немецкое слово Bruder (брат). Суффикс -er в немецком языке часто указывает на профессию или род занятий. Таким образом, Брудерер (Bruderer) — это не просто «брат», а «тот, кто имеет отношение к брату» или «братский». Самая прямая и правдоподобная версия: так называли члена религиозного братства, монаха из нищенствующего ордена или просто человека, живущего в общине. В южнонемецких диалектах (особенно в Баварии, Австрии, Швейцарии) слово Bruderer могло означать именно «монах» или «член братства», а в некоторых местностях — даже «сборщик подаяния для монастыря».

Вторая версия, менее распространённая, — прозвище по родству. Если в семье было несколько братьев, одного из них могли прозвать «братец» (Bruderer), чтобы отличить от других. Но это скорее исключение: фамилии такого типа чаще образовывались от имён или профессий, а не от внутрисемейных прозвищ.

На территорию Российской империи фамилия попала, скорее всего, с немецкими колонистами в XVIII–XIX веках. Немцы Поволжья, Причерноморья и Закавказья принесли с собой множество фамилий на -er, которые так и остались в неизменном виде. Брудерер — одна из них. Встречается она и сегодня в России, на Украине и в Казахстане — там, где были немецкие поселения.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень Bruder (брат) + суффикс деятеля -er. Ударение в немецком варианте падает на первый слог: Брýдерер. В русском языке часто смещается на второй или третий, в зависимости от привычек семьи. Сравните с однокоренными немецкими фамилиями: Брудер, Брудерман, Брудершафт — все они восходят к тому же «братскому» корню, но Брудерер выделяется именно суффиксом, указывающим на человека, для которого «братство» было не просто родством, а образом жизни или занятием.