Фамилия Бружайтис — один из ярких примеров литовского наследия в русском ономастиконе. Её окончание -айтис (в русской передаче часто -айтис) — характерный литовский суффикс, образующий фамилии по модели «сын такого-то» или «потомок такого-то». В Литве такие фамилии на -aitis (мужской род) и -aitytė (женский) были широко распространены в XIX веке, особенно среди крестьян Жемайтии и Аукштайтии. Таким образом, Бружайтис означает «сын (или потомок) Бружиса» или «человек из рода Бружиса».

Основа фамилии — Бружа (лит. Bružas или Bružis). Здесь возможны два основных толкования, и оба вполне правдоподобны. Первое: литовское слово bružas в диалектах означает «брусок», «точильный камень». Фамилию могли дать точильщику, или человеку, который жил рядом с каменоломней, или просто прозвать за твёрдый, «кремнёвый» характер. Второе, более распространённое в антропонимике: Bružas — это вариант личного имени или прозвища, восходящего к тому же корню, что и brižas — «бродяга», «бездельник». В старых литовских метриках встречается и фамилия Бружа (Bruža) без суффикса, что подтверждает: Бружайтис — патроним от неё.

На русскую почву фамилия попала, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда после отмены крепостного права литовские крестьяне активно переселялись в центральные губернии России и Сибирь, а также в процессе русификации фамилий при записи в православные метрики. Фонетически она почти не изменилась, что говорит о позднем заимствовании и сохранении литовского звучания. Встречаются варианты написания Бружяйтис и Бружайтис, но первый — более точная передача литовской орфографии (Bružaitis), второй — привычная русская адаптация.

В отличие от фамилий на -ский или -ов, Бружайтис не даёт подсказки о сословной принадлежности: в Литве такие патронимы носили и крестьяне, и мелкая шляхта, и горожане. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя этой фамилии почти наверняка были литвинами (жителями Великого княжества Литовского) и говорили по-литовски. В современной России фамилия редкая, её можно встретить в Калининградской области, а также среди потомков литовских переселенцев в Сибири.