Фамилия Бубастис — редкая и нехарактерная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а греческое или, шире, балканское. В русской ономастике фамилий с таким финальным -ис практически нет — это окончание характерно для греческих фамилий (например, Папастасис, Павлидис) и для некоторых румынских, где -ис может быть вариантом артикля или суффикса.

Основу «Бубаст» скорее всего связывают с греческим словом «бубас» (βούβας) — так называли человека с грубым, осипшим голосом или того, кто мычит, говорит невнятно. В греческих диалектах это слово могло быть прозвищем для неразговорчивого человека или для человека с дефектом речи. Суффикс -ис в греческом языке — один из самых распространённых патронимических суффиксов, то есть фамилия Бубастис буквально означает «сын Бубаса» или «из рода Бубаса».

Версия о связи с египетским городом Бубастис (древний Пер-Бастет, центр культа богини Бастет) маловероятна для фамилии. Такое имя могла бы получить семья, жившая в этом городе или происходившая оттуда, но в русской среде это экзотика. Намного реалистичнее, что фамилия появилась у греческих переселенцев, которые жили в Причерноморье, на Кавказе или в южных губерниях Российской империи. В XIX веке греческие колонии в Одессе, Мариуполе, Новороссийске дали много фамилий с суффиксом -ис, и Бубастис могла появиться именно там.

С точки зрения словообразовательной модели, это чистая греческая патронимическая фамилия, не русифицированная. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, -ин, она не меняла форму под влиянием местных суффиксов — её не «переделывали» в Бубастов или Бубастин. Это говорит о том, что её носители сохраняли национальную идентичность и не стремились адаптировать фамилию к русскому языку.

По сословному составу греческие фамилии такого типа могли принадлежать как купцам и ремесленникам, так и крестьянам-переселенцам. Никаких известных исторических личностей с фамилией Бубастис в открытых источниках нет, что подтверждает её редкость. Если вы встретили эту фамилию в России, скорее всего, её носители — потомки греков, перебравшихся в страну в XVIII–XIX веках, возможно, из Малой Азии или с Балкан.