Фамилия Бубэла — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией, а указывает на иноязычные корни, скорее всего, грузинские или молдавские.

В грузинском языке фамилии на -эла (-ела) — распространённая модель: Чикобава, Окуджава, но есть и формы вроде Бубэла. Основа «буб-» может восходить к грузинскому «буба» — шар, мяч, или к детскому слову, обозначающему нечто круглое и мягкое. В таком случае прозвище Бубэла могло закрепиться за человеком с округлыми чертами лица, полным телосложением или за весёлым, «надутым» нравом. Вторая версия — связь с молдавским (румынским) словом «bubă» — шишка, желвак, нарыв. Фамилия Бубэла могла возникнуть как прозвище человека, перенёсшего болезнь с заметными опухолями, либо, что мягче, — как ироничное именование крепыша.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая. Если носитель — русский, то, скорее всего, это результат русификации грузинской или молдавской фамилии в XIX–XX веках, когда при переписях и в документах иноязычные окончания упрощали на слух. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, Бубэла не склоняется по падежам как прилагательное, а ведёт себя как существительное мужского рода — что выдаёт её нерусское происхождение.

Сословная принадлежность предков не прослеживается: такие фамилии могли носить и крестьяне, и городские ремесленники, и дворяне (в Грузии — даже князья с похожими окончаниями). Однако яснее всего одно: это не фамилия-профессия и не отчество от церковного имени. Это прозвище, данное по внешнему признаку или характеру, которое со временем закрепилось за родом.