Фамилия Бубникова — женская форма, а её основа мужская — Бубников. В центре фамилии лежит прозвище Бубник, а вот откуда оно взялось — тут есть несколько версий, и ни одна не выглядит натянутой. Самая прямая: от глагола «бубнить», то есть говорить глухо, монотонно, бормотать себе под нос. Такое прозвище могли дать ворчливому или невнятному человеку — и это, пожалуй, самое очевидное объяснение.

Вторая версия отсылает к слову «бубен». Здесь Бубник — это либо музыкант, игравший на бубне, либо мастер, который такие бубны делал. В русской ономастике профессиональные прозвища — один из самых частых источников фамилий, так что этот вариант тоже весомый. Менее известная, но любопытная деталь: Бубником могли прозвать и обнищавшего человека. В народе говорили «гол, как бубен» — имея в виду пустой, нищий. Если предок получил прозвище по этому признаку, фамилия сохранила память о его положении, а не о профессии или характере.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ник (от «бубен» или «бубнить») дал прозвище Бубник, к которому добавился типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Бубников). Окончание -а в женском роде — грамматическая норма. Фамилия не относится к редким суффиксальным типам вроде -их или -ский, а значит, её носители — скорее потомки крестьян или мещан, у которых фамилии на -ов были основным вариантом.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, но яркой региональной привязки нет. Споров между версиями происхождения, по сути, нет: все три гипотезы (характер, ремесло, бедность) одинаково правдоподобны, и какая из них верна для конкретной семьи, без генеалогического исследования не выяснить.