Фамилия Бубникова образована от прозвища Бубник. По одной из версий, оно восходит к глаголу «бубнить» – «глухо, невнятно, монотонно говорить; бормотать, ворчать». Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило слово «бубен» - «ударный музыкальный инструмент в виде обода, обтянутого кожей». В таком случае прозвище Бубник может относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка: он мог быть мастером по изготовлению музыкальных инструментов или музыкантом. Бубником могли также называть обнищавшего человека (существовала пословица: «Гол, как бубен»). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бубник, со временем получил фамилию Бубникова.