Фамилия Бабникова происходит от прозвища Бабник, но его значение в старину было совсем не таким, как сегодня. В основе фамилии лежит профессиональное именование лекаря или знахаря: глагол «бабить» или «бабничать» означал «повивать, принимать роды, лекарить, знахарить». Однако прозвище могло указывать и на характер человека. От глагола «бабиться» — «вести себя по-бабьи, нежничать, плакать, трусить» — Бабником называли женоподобного мужчину. Третья версия отсылает к глаголу «бабничаться» — «возиться с женщинами или нянчиться с детьми». В этом случае прозвище мог получить как любитель женского общества, так и старший сын, присматривавший за младшими братьями и сёстрами.

Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Бабникова — «дочь (или жена) Бабника». Словообразовательная цепочка проста: прозвище Бабник → отчество Бабников → фамилия Бабникова. Такая форма типична для русских фамилий, закрепившихся в женском роде.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где были сильны традиции народной медицины и знахарства. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что подтверждает его бытовое, а не аристократическое происхождение. Таким образом, предки носительницы фамилии Бабникова могли быть либо сельскими лекарями, либо людьми с заметными чертами характера, закреплёнными в прозвище.