Фамилия Бабниковы образована от прозвища или профессионального имени Бабник. Вопреки современному значению этого слова, в старину «бабником» называли не любителя ухаживать за женщинами, а человека, тесно связанного с «бабами» — то есть с повитухами, знахарками, а иногда и с самим процессом родовспоможения. В русских говорах «бабка» — это не только мать отца или матери, но и повитуха, помогавшая при родах. Соответственно, «бабник» — тот, кто занимался бабьим делом: либо сам повивал, либо помогал бабкам, либо торговал товарами, нужными женщинам.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Бабников — сын Бабника. Женский вариант Бабникова, а множественное число Бабниковы закрепилось за целым родом. Фамилия эта редкая и не слишком древняя: в документах XVI–XVII веков она почти не встречается. Основной ареал бытования — центральные и северные области России, где крестьянские прозвища часто давались по роду занятий.

Стоит различать Бабниковых и однокоренные фамилии. Бабкин, например, происходит напрямую от «бабка» (бабушка или повитуха) и встречается гораздо чаще. Бабников же — более конкретная профессиональная характеристика. В некоторых говорах «бабником» могли называть и женолюба, но это значение стало основным лишь в XIX–XX веках, а до того слово сохраняло нейтральный или даже уважительный оттенок — ведь повитухи пользовались авторитетом.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Баба (уменьшительное от Варвара или простонародное прозвище) с добавлением суффикса -ник. Но в этом случае логичнее была бы форма Бабин или Бабников — с другим суффиксальным рядом. Поэтому профессиональное происхождение выглядит убедительнее.