Фамилия Бабнищевы происходит от прозвища Бабнище, и её значение напрямую зависит от того, какой смысл вкладывали в это слово в старину. Сегодня слово «бабник» имеет однозначную окраску, но в древнерусском языке всё было сложнее. Самая правдоподобная версия — профессиональная: бабником называли лекаря или знахаря, который помогал при родах. Глагол «бабить» означал «повивать, принимать роды», поэтому Бабнище могло быть прозвищем деревенского повитуха-мужчины или народного целителя.

Однако прозвище могло указывать и на характер. В говорах «бабиться» значило «вести себя по-женски, нежничать, плакать или трусить». Соответственно, Бабнищем могли прозвать женоподобного мужчину или, наоборот, чрезмерно мягкого и чувствительного человека. Ещё один вариант связан с глаголом «бабничаться» — «возиться с бабами, нянчиться с детьми». В таком случае прозвище мог получить старший сын, которому часто приходилось сидеть с младшими братьями и сёстрами.

Менее убедительная гипотеза отсылает к слову «бабнища». В псковских говорах так называли крупную, неуклюжую или злую, бранчливую женщину. Фамилии, образованные от женских прозвищ, встречаются редко, поэтому эта версия уступает двум первым.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Бабнищ-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ев». Это указывает на то, что родоначальника звали Бабнище, а его потомки стали Бабнищевыми. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования фамилий на Руси был долгим и неоднородным. Но ясно одно: фамилия Бабнищевы сохранила память о прозвище, которое в разные эпохи могло означать и уважаемого знахаря, и человека с необычным нравом.