Фамилия Бубочкин — один из тех случаев, когда за привычным звучанием скрывается несколько возможных путей происхождения. Чаще всего её связывают с прозвищем Бубочка. Слово «буба» в словаре Даля означает «желвак, ушиб, опухоль, болячка». Если отталкиваться от этого значения, прозвище могло закрепиться за человеком с заметной внешней приметой — например, шишкой или родинкой. Но народная этимология часто переосмысляла такие основы: Бубочкой могли назвать неспокойного ребёнка, который то и дело набивает себе шишки, или же, напротив, горячего, вспыльчивого взрослого — как бы «шишку» на ровном месте.

Есть и другая версия, не менее правдоподобная. Корень «бубен» и глагол «бубенить» в говорах означали «разглашать, разносить вести, рассказывать». В таком случае Бубочка — прозвище словоохотливого, общительного человека, любителя поговорить и поделиться новостями. Оба варианта укладываются в типичную для славянских фамилий модель: сначала личное прозвище, затем фамилия на -ин, указывающая на принадлежность роду Бубочки (чей? — Бубочкин).

Фамилия встречается в документах. В Книге памяти Нижегородской области записан Бубочкин Александр Андреевич, 1914 года рождения, уроженец села Ратово Теплостанского района (ныне Сеченовский округ). Это указывает на устойчивое бытование фамилии в поволжских сёлах. Среди известных носителей — Борис Петрович Бубочкин (1941 г. р.), фтизиатр, доктор медицинских наук, профессор, изучавший особенности течения туберкулёза в разных социальных группах.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и в данном случае не даёт точной привязки к сословию: такую фамилию могли носить и крестьяне, и мещане. Окончательно определить, какое именно значение — «шишка» или «болтун» — легло в основу прозвища предка, можно только в ходе конкретных генеалогических изысканий по ветви семьи.