Фамилия Бубонистый — редкая, и её происхождение сразу вызывает вопросы. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она образована с помощью суффикса -истый, который в основе указывает на признак или свойство. В русских прозвищах такой суффикс часто означал «обладающий чем-либо в избытке»: голосистый, носатый, пузатый. Бубонистый, скорее всего, описывал человека по внешности или манере поведения.

Корень «бубон» — не русский. В древнерусском языке «бубон» означало «бубен» (музыкальный инструмент), но также существовало слово «бубон» в значении «шишка, нарост» — отсюда и «бубонная чума», при которой воспаляются лимфоузлы. Возможны две версии. Первая: прозвище Бубонистый дали человеку с заметной шишкой на теле, например, в результате болезни или травмы. Вторая: прозвище относилось к тому, кто громко, звонко говорил или кричал, то есть «бубнил» — в этом случае корень тот же, что у слова «бубен», а суффикс -истый подчёркивал постоянное свойство.

Менее вероятно, но допустимо, что фамилия могла быть связана с профессией бубниста — человека, который играл на бубне. Однако в русской традиции музыкантов чаще называли по инструменту напрямую: Бубенщиков, Бубнов. Форма Бубонистый скорее указывает на качество, а не на занятие.

Географически фамилия встречается в основном в южных и центральных регионах России, но крайне редко. В документах XVIII–XIX веков она почти не фиксируется, что говорит о её позднем формировании или о локальном бытовании в среде однодворцев или казачества, где прозвища часто становились фамилиями без типовых суффиксов.

Известных носителей с этой фамилией нет в открытых источниках, что не удивительно: фамилия находится на грани исчезновения. Для этимолога она интересна как пример непродуктивной модели: суффикс -истый редко закреплялся в качестве фамильного, и Бубонистый — один из таких «сломанных» шаблонов, сохранивших прямую связь с прозвищем.