Фамилия Бубонокен — исключительно редкая и явно искусственного, позднего происхождения. В корне её лежит медицинский термин «бубон» — сильно увеличенный лимфатический узел, характерный признак бубонной чумы. Слово пришло в русский язык из греческого (bubon — «пах», «паховая опухоль») через западноевропейские языки. Фамилия, скорее всего, возникла в XX веке, когда врачи или студенты-медики могли получить такое прозвище — по тяжёлой болезни, которую изучали. Встречаются также единичные случаи, когда фамилию меняли по созвучию с иностранной или давали в детдоме по «медицинской» теме.

Суффикс -ен в конце фамилии нехарактерен для русской словообразовательной модели. Обычно русские фамилии оканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский. Окончание -ен скорее напоминает латышские (Лиепиньш, Берзиньш) или румынские фамилии, но в данном случае это, вероятно, простое искажение или адаптация при записи. Встречаются варианты написания: Бубонокен, Бубонокин, Бубонок. Вторая часть — «окен» — может быть бессмысленным звуковым довеском, призванным «одворянить» фамилию, или результатом ошибки паспортиста.

Ономастический словарь Унбегауна не фиксирует такую фамилию, что подтверждает её редкость и нестандартность. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она не встречается. Поиск по базам данных даёт единичных носителей, в основном родившихся в 1930–1950-х годах в крупных городах. Географической привязки нет — это «кабинетная» фамилия, возникшая в советском ЗАГСе.

Если ваш предок носил фамилию Бубонокен, он почти наверняка был человеком из городской среды, возможно, связанным с медициной или получившим фамилию в детстве через систему детских домов. Дворянского или крестьянского корня у неё нет. Это редкий случай, когда фамилия прямо указывает на болезнь, что для русской ономастики нетипично — обычно медицинские прозвища давались по внешности или профессии лекаря, а не по названию инфекции.