Фамилия Бубьякова заставляет задуматься в первую очередь о корне. Основы «буб-» или «бубя-» в русском языке неочевидны, и это как раз тот случай, когда на первый план выходит не столько значение, сколько словообразовательная модель и возможное происхождение от прозвища.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Бубьяк. Суффикс -як в русских прозвищах и фамилиях (сравните: Бодряк, Гуляк, Добряк) часто указывал на носителя признака или действия. Тогда Бубьяк — это человек, которого прозвали за связь с чем-то «бубым». Самое прямое объяснение: «бубый» в некоторых говорах означало «глухой», «глуховатый» или «плохо слышащий». Прозвище Бубьяк могли дать глуховатому человеку, и фамилия Бубьякова образовалась по стандартной модели: прозвище на -як плюс притяжательный суффикс -ов (Бубьяков) и женское окончание -а.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «буба» — шишка, нарыв, или с глаголом «бубнить» — говорить невнятно, бормотать. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с заметной внешней особенностью или к тому, кто говорил монотонно и неразборчиво. Однако версия с «глухим» выглядит стройнее, так как хорошо ложится в ряд подобных прозвищ по физическим качествам (Глухов, Глушков).

Географически фамилия редкая. По открытым данным, её носители встречаются в основном в центральных и южных регионах России, но без выраженного очага. Это говорит о том, что фамилия не пошла от массового крестьянского рода, а возникла локально, возможно, в одной или нескольких деревнях.

С точки зрения социального статуса, суффикс -ов- однозначно указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В дворянской среде такие «простые» модели на -ов были редкостью. Таким образом, предки Бубьяковых — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по прозвищу своего предка, которое, в свою очередь, метко описывало его характерную черту — глуховатость или невнятную речь.