Фамилия Бубьяков — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по своему происхождению. Чтобы понять её корни, нужно отбросить современное произношение и обратиться к диалектной лексике. Основа фамилии — прозвище Бубьяк. В русских говорах, особенно на юге и западе, «бубьяк» или «бубяк» — это народное название растения пузырника, а также иногда так называли толстый, раздувшийся предмет, похожий на пузырь. Однако более вероятно, что прозвище относилось к внешности или характеру человека. В ряде диалектов «бубья» означало «толстяк», «пузан» — человека с большим животом. Таким образом, Бубьяком могли прозвать полного, дородного человека, и это прозвище перешло в фамилию через патронимический суффикс -ов.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования: «чей сын?» — Бубьяков, то есть сын Бубьяка. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и не превратилась в массовую, как, например, Кузнецов или Иванов. Это говорит о её локальном, возможно, даже односельском происхождении. Встретить Бубьяковых можно в основном в Воронежской, Курской, Ростовской областях — на территориях, где исторически бытовали южнорусские говоры с характерным словом «бубьяк».

Вторая, менее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «буба» означает «дед», «предок», а аффикс -як мог дать значение «сын деда» или «маленький дед». Но эта гипотеза слабая: для русского уха фамилия звучит органично именно как производная от диалектного прозвища, а не как заимствование. К тому же, слово «бубьяк» фиксируется в словарях русских народных говоров, что делает версию с растением или толстяком основной.

Сословная принадлежность у Бубьяковых, скорее всего, была крестьянской или однодворческой. Фамилия не несет признаков дворянского или духовного происхождения (нет суффикса -ский, нет книжных основ). Это фамилия, которая закрепилась за конкретным родом в конкретной местности, и её носители, вероятно, были земледельцами или ремесленниками. В дореволюционных метрических книгах Бубьяковы встречаются эпизодически, что подтверждает редкость и локальность фамилии.