Фамилия Бубаков образована от прозвища или имени Бубак. В основе лежит либо тюркское слово «буба» — «дед, предок, отец», либо русское диалектное «буба» — «толстый, неуклюжий человек». Вторая версия правдоподобнее: прозвища, данные по внешности или характеру, в русской среде встречались чаще, чем заимствованные из тюркских языков обращения к старшим. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, закрепившуюся за потомками человека с таким прозвищем.

Интересно, что фамилия Бубаков встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Это косвенно подтверждает связь с диалектом: слово «буба» в значении «увалень» бытовало именно в южнорусских говорах. В тюркских языках, напротив, «буба» — почтительное обращение, и фамилия с таким корнем могла бы появиться у народов Поволжья или Кавказа, но там она редка.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от уменьшительной формы имени Буба, которое в некоторых славянских семьях давали младенцам как оберег от сглаза (от «буба» — «бука, страшилище»). Однако такая практика не была массовой, и следов в документах почти не осталось. Скорее всего, первый Бубаков — это человек по прозвищу Бубак, то есть полный, медлительный или неловкий, а его дети и внуки уже стали Бубаковыми. Фамилия не относится к дворянским и не фиксируется в родословных книгах — её носителями были крестьяне и мещане.

В написании фамилии устойчиво одно «б» и суффикс -ов, без вариантов вроде Бубаковский или Бубак — это редкий случай, когда форма не менялась под влиянием книжной традиции.