Фамилия Бубакшиев — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа, суффикс и география бытования указывают на то, что перед нами не славянская, а тюркская фамилия, которая прошла русификацию через добавление типичного русского патронимического суффикса -ев.

Корень «Бубакши» (или «Бу бакши») отчетливо разбирается на тюркской почве. Слово «бакши» (варианты: бахши, баксы) в тюркских языках имеет два основных значения, и оба могли лечь в основу прозвища. Первое и самое распространенное — «учитель», «писарь», «грамотей» (от китайского «боши»). Второе, более архаичное, — «шаман», «знахарь», «колдун» (в среднеазиатском и сибирском региональном употреблении). Первая часть «бу» — это указательное местоимение «этот» во многих тюркских языках (ср. казахское, татарское, башкирское «бу»). Таким образом, прозвище Бубакши (Бу бакши) означало «этот учитель» или «этот шаман» — то есть человека выделяли по его роду занятий, добавляя указательное слово для конкретизации.

Словообразовательная модель фамилии — классический пример адаптации нерусской основы. К тюркскому прозвищу Бубакши прибавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих согласных). Фамилия означает «сын Бубакши» или «потомок Бубакши». В среде, где фамилию давали по отцу, она закрепилась за одним родом, предок которого носил это прозвище.

Географически фамилия Бубакшиев тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы, а затем проходила русификация: это могут быть территории бывшего Казанского ханства (Татарстан, Башкирия), Оренбуржье или Астраханская область. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного рода или деревни.

Версия о происхождении от арабского или персидского «бакшиш» (подарок, взятка) маловероятна: в этом случае основа звучала бы как «Бакшишев», а не «Бубакшиев», и указательное местоимение «бу» в ней не находит объяснения. Наиболее правдоподобным остается толкование через тюркское «бакши» — учитель или знахарь, с добавлением указательной частицы. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был грамотным человеком (писцом, муллой) или, что менее вероятно, народным целителем.