Фамилия Бубаева — редкий случай, когда географический контекст почти наверняка перевешивает прозрачность корня. Если бы мы искали объяснение только в русском языке, мы бы зашли в тупик: слова «бубай» в литературном русском нет, а «буба» (диалектное «толстяк», «карапуз» или, в ряде говоров, обозначение болезни) даёт слишком размытую картину. Поэтому ключ к фамилии — Кавказ.

С высокой долей вероятности Бубаева — это русифицированная форма осетинской фамилии Бубайтæ или ингушской/чеченской фамилии, образованной от личного имени Буба. В осетинском языке «буба» означает «дедушка» или «старик», но в именах часто выступает как ласковое обращение к старшему или как компонент сложных имён (например, Буба — сокращение от Бубабекир). У вайнахов (ингушей и чеченцев) имя Буба также известно, хотя встречается реже.

Модель образования проста: к основе Буба- присоединили русский патронимический суффикс -ев (поскольку основа оканчивается на гласный «а», по правилам русского языка пишется -ев, а не -ов). Получается буквальное значение «потомок Бубы». Фонетически фамилия могла звучать как Бубайты (с осетинским суффиксом множественности -тæ), а при записи в российских документах XIX века потеряла конечный «й» и получила русское окончание. Таким образом, предок носителя фамилии — человек по имени Буба, скорее всего уважаемый старший в роду или, что менее вероятно, носитель прозвища, данного по внешности или характеру.

Встречается фамилия преимущественно в Северной Осетии, Ингушетии и среди осетинской диаспоры. Изредка её можно найти и в других регионах России, но это почти всегда следствие миграции с Кавказа. С точки зрения сословной принадлежности, осетинские фамилии на -ев/-ов редко дают точную информацию о дворянстве или крестьянстве — в горах фамилии носили все, независимо от статуса, а фиксация в метриках зависела от того, кто первым попал в поле зрения русской администрации.

Что касается альтернативных версий, то связь с тюркским «буба» (отец, предок) возможна, но менее убедительна: фамилия почти не встречается в Татарстане или Башкортостане, где такие основы были бы типичны. Версия с русским диалектным «буба» (толстяк) — скорее народная этимология, так как суффикс -ев для чисто русских прозвищных фамилий от таких основ редок; обычно они оформлялись как Бубин или Бубаев (с ударением на последний слог). В случае Бубаевой ударение чаще всего падает на второй слог — Буба́ева, что тоже указывает на нерусскую, кавказскую природу корня.