Фамилия Бубарев — редкий случай, где самая очевидная версия происхождения не самая надёжная. В ней отчётливо выделяется суффикс -ев, указывающий на патронимическую модель: Бубарев — это «сын Бубара». Но вот что такое «Бубар» — вопрос.

Проще всего предположить, что в основе лежит прозвище Бубар от диалектного слова «бубарь» — так в некоторых говорах называли человека с низким, глухим голосом или того, кто издаёт бубнящие звуки. Однако в русском языке слово «бубарь» фиксируется редко и не имеет устойчивого значения. Гораздо чаще встречается корень «бубен» или «бубнить», но фамилии Бубарев с этим корнем не образуются напрямую — для этого существовали бы формы Бубенников, Бубнов.

Более правдоподобно рассматривать Бубар как вариант имени или прозвища, связанного с тюркскими языками. В татарском, башкирском, казахском слово «буба» (или «бубай») означает «дед», «предок», «старик». В форме «Бубар» оно могло попасть в русскую среду через межэтнические контакты, особенно в Поволжье или на Южном Урале. Тогда Бубарев — это «потомок Бубара», то есть человека, которого прозвали по возрасту или статусу.

Третья, менее вероятная, но любопытная версия — связь с личным именем Бур, сокращённым от Бурхан или Буривой, с перестановкой звуков (метатезой). Бур → Бубар. Такие случаи в ономастике известны, но для фамилии Бубарев подтверждений нет.

Фамилия крайне редкая. По современным данным, её носители встречаются в основном в Центральной России и на Урале. Сословная принадлежность предков не прослеживается — в дворянских родословных книгах Бубаревы не значатся. Скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская, образованная от уличного прозвища, которое закрепилось в одном-двух сёлах.